모기지 금리와 기준 금리의 관계는 비교적 밀접하다. 대부분의 경우 은행의 주택 융자 금리는 중앙은행이 발표한 기준 금리를 참조할 것이다. 기준 금리 조정은 모기지 금리에 영향을 미칠 것이다. 중앙은행이 기준 금리를 올리면 은행의 주택 융자 금리도 높아질 것이다. 반대로 중앙은행이 기준 금리를 인하하고 은행의 주택 융자 금리도 인하될 것이다. 또 은행은 대출자의 신용상태, 대출금액, 대출기한 등에 따라 구체적인 주택담보금리를 확정한다.
기준 금리가 모기지 금리에 영향을 미치지만 다른 은행의 모기지 금리는 정확히 동일하지 않다는 점에 유의해야 한다. 각기 다른 은행의 대출 정책, 신용평가 기준, 운영비용 등이 모두 주택담보금리에 영향을 미치기 때문에 구체적인 주택담보금리는 다른 은행의 실제 상황에 따라 결정되어야 한다.